كانت البحرية الجزائرية منذ ظهورها مطلع القرن الـ16 تقوم بعمل مزدوج هو الدفاع عن الجزائر ولبلدان المغاربية، والمشاركة في الدفاع على بلدان إسلامية أخرى خاصة البلاد العثمانية في شرق البحر المتوسط، حماية للمقدسات الدينية والوطنية.
يؤكد المؤرخ يحي بوعزيز أن الأسطول الجزائري كان دائما في المقدمة يخوض المعارك تلو الأخرى إلى جانب القوات البحرية الإسلامية الأخرى ضد أعداء المسلمين أينما كانوا، ويشير إلى أنه عام 1529 وجه خير الدين باشا نجدة بحرية من 15 مركبا إلى مسلمي الأندلس في أوليفا Olivax قادها الرايس خيدرالين واصطدم بثمانية مراكب اسبانية يقودها رودريقوبورتاندو Rodrigo Poranto ، وانتصر عليها وأغرق واحدة وأسر الباقي بمن عليها من الرجال والأمتعة قادهم إلى مدينة الجزائر.
كان ضمن رفاقه في الغزوة صالح رايس، شعبان رايس، طاباقا رايس، حادرين رايس، ويوسف رايس، وفي عام 1555 غزا خير الدين بنفسه جزر البليار ردا على قيام شارلكان بغزو تونس واحتلالها، وأسر في ماهون 6000 شخصا اسبانيا قادهم إلى مدينة الجزائر.
وفي عام 1538 اشترك أسطول الجزائر في حرب بريفزا Prévésa باليونان إلى جانب الأسطول العثماني، وحقق إنتصارات هامة، وفي عام 1553 شارك في إجلاء الكثير من المسلمين الأندلسيين المطرودين وغزا جزيرة ميورقة عام 1553، وإعترض مراكب برتغالية وأسرها .
في عام 1560 اشترك أسطول الجزائر مع الأسطول العثماني في معركة جربة المشهورة جنوب شرق تونس ضد الإسبان وفرسان مالطة، بقيادة العلج علي، وفي عام 1569 اشترك أسطول الجزائر بقيادة العلج علي مع الأسطول العثماني في تحرير تونس من الإحتلال الإسباني ، وأنجد العلج علي مسلمي الأندلس بأربعين مركبا قادها البحارة الجزائريون إلى ألميريا وسواحلها.
ويذكر مولاي بلحميسي أنه في عام 1630 أنجدت الجزائر الدولة العثمانية في حربها ضد البندقية الإيطالية، وقاد الرايس بتشيني أسطول الجزائر إلى شواطئ البحر الأدرياتي الإيطالية .
