تعتبر مكتبة جامعة الجزائر من أقدم وأهم المكتبات في العالم العربي وإفريقيا، لما كانت تحتوي عليه من رصيد ثري وكتب قيمة في مختلف العلوم.
عرف مقرها تغيرات عديدة، ففي أوت 1875، كان الرصيد ملكا لمدرسة الطب والصيدلة، حيث كانت تتوفر على مكتبة صغيرة تطورت بتطور هذه المدرسة إلى أن جاء قانون 20 ديسمير 1879 المتعلق بالتعليم العالي بالجزائر.
بموجب هذا القانون تقرر إنشاء المدرسة العليا للأداب بالجزائر وإنشاء مكتبة لكل مدرسة، وبعدها بسنة وزع رصيد مدرسة الطب على مكتبات المدرسة المذكورة، وبهذا تغير مقر المكتبة لكنه استقر في 1888، حيث خصت بناية جديدة له تتوسط المدارس الثلاث.
وفي 1909 تطورت تلك المدارس الى أن تحولت إلى معاهد بموجب القانون المؤرخ في 30 ديسمبر من السنة نفسها، وكانت تلك المعاهد تابعة لجامعة الجزائر، وهذا التطور كان موازي لتضاعف عدد الطلبة من سنة الى اخرى ما ادى الى احداث تعديلات وتحسينات على مستوى المكتبة خاصة في 1929، حيث انجزت قاعة خاصة بالاساتذة.
وفي 1945 وسع المخزن بإضافة مكان لـ130 ألف نسخة وكان قاعة دروس تابعة لكلية الأداب سابقا، وفي 1937 وسعت قاعة المطالعة، بحيث أصبحت تتسع لـ135 مقعدا، وإضافة مخزن على سطح العمارة وتواصلت هذه التعديلات والتحسينات.
زاد رصيد المكتبة بـ500 ألف كتاب في 1959، و1275 عنوان من الدوريات.
للأسف بتاريخ 7 جوان 1962، تعرضت المكتبة الجامعية المركزية للحرق من طرف المنظمة السرية للجيش الفرنسي الإرهابية لواس، بتواطؤ مع بعض الموظفين الفرنسيين العاملين بالمكتبة،عن طريق تفجير ثلاث قنابل فوسفورية سريعة الإلتهاب لضمان انتشار الحريق بسرعة كبيرة.
إلتهمت النيران الالاف من الكتب النادرة والمخطوطات في مختلف مجالات المعرفة، ووصلت النيران الى مخازن الكتب الأربعة بأكملها بالطابقين الثاني والثالث، فأحرقت قاعة المطالعة، وأتلفت أكثر من 400 ألف كتاب ومجلد ومحطوط ووثائق هامة من مجموع 600 ألف عنوانا تحتوي عليه المكتبة.
إلى جانب تخريب المكتبة ومخابر العلوم ومدرجين، ورغم تدخل رجال المطافئ لإخماد النيران الملتهبة، لكن خراطيم المياه المستعملة زادت من هول الفاجعة، وحجم الخسائر لأنها تسببت في محو الكتابة في المخطوطات، وكتب مطبوعة من السنوات الأولى للطباعة بالحرف العربي والحرف اللاتيني، ومخطوطات اخرى يعود تاريخها إلى عشرات القرون، إضافة إلى الرسائل والأطروحات الجامعية في مجالات المعرفة، بالتالي حرمان الجيل الصاعد من شباب الجزائر من الإستفادة من المعرفة والعلوم.
بعد الحريق استرجع 20 ألف كتاب فقط، وبعد عملية الإنقاذ حولت إبى ثانوية عقبة بالعاصمة وأعيدت إلى مكتبة الجامعة بعد الإنتهاء من أشغال ترميم مكتبة الجامعة بعد الإنتهاء من أشغال ترميم مكتبة جامعة الجزائر، التي دامت عامين.
وأصبحت تعرف بجناح رصيد عقبة نسبة للثانوية، التي إحتضنت بقايا المكتبة المنكوبة، كما نقل بعضها الاخر إلى ميناء الجزائر لإبعادها عن كل خطر محتمل.
وفي ديسمبر 1962، أنشأت اللجنة الدولية لإعادة بناء المكتبة الجامعية وكانت من مهامها الرئيسية جمع التبرعات وإعادة بناء المكتبة، وفي 1964 شرع في إعادة تهيئة المبنى الجديد للمكتبة، حيث أعيد فتحها في 12 أفريل1968 بعد ست سنوات من الترميم وتجليد الكتب والجهود الجبارة لإعطائها وجها مشرقا يتماشى وأهدافها.